Ves se poprvé připomíná v roce 1499 česky jako Blahustowicze. Byla součástí hranického panství pánů z Pernštejna. Jan z Pernštejna prodal v 16. století město Hranice i s vesnicemi Blahutovice a Polouvsí Václavu Haugwicovi z Biskupic a pak se rychle střídali majitelé. Poslednímu předbělohorskému majiteli Václavu Mollovi z Modřilic byly statky Hranice a Drahotuše zkonfiskovány, a tak se dostala vesnice Blahutovice s celým panstvím hranickým jako konfiskát do majetku olomouckého biskupa a kardinála Františka z Ditrichštejna. Vesnice se po třicetileté válce následkem vylidnění a nového osazení poněmčila (něm. Blattendorf).
Hlavním způsobem obživy bylo změdělství, chov dobytka. Od roku 1905 byla v obci cementárna a pila. Na potocích stávaly dva mlýny.
Obec Blahutovice byla od roku 1850 dodnes součástí soudního i politického okresu Nový Jičín. Přifařena byla do Jeseníku v novojičínském děkanátu. Škola se v Blahutovicích uvádí poprvé v roce 1795, česká byla založena po roce 1945, dnes je v rámci integrace s Jeseníkem nad Odrou zrušena.
Po druhé světové válce bylo založeno JZD v roce 1949, stalo se součástí JZD Jesenicko, dnes v likvidaci.
Zajímavostí byl nález zbytků prehistorického osídlení (ohniště, nástroje) na poli západně od vsi, sídliště zemědělského podunajského lidu, který prozkoumal známý archeolog profesor K. J. Maška (uloženo v muzeu v Novém Jičíně a Brně).
V pečetním poli obecního typáře, pořízeného v roce 1766, byl zobrazen pohled na naznačené polnosti a dva vesnické domky, nad nimiž se vznášejí tři ptáci.
